Свое второе, укоренившееся в народе название, церковь получила от блаженного Иоанна Милостивого, или Иоанна Власатого, святые мощи которого находятся в храме. (почитается в Православной церкви как чудотворец, память совершается : 16 сентября, 25 ноября и 5 июня (Собор Ростовских святых)
Происхождение и родина его неизвестны. Подвизался в городе Ростове в царствование Ивана Грозного (1547–1584 гг.) в подвиге юродства, терпя нужды и скорби и не имея постоянного пристанища. Живя в смирении, терпении и непрестанной молитве, он духовно окормлял многих, в том числе и блаженного Иринарха, затворника Ростовского († 1616 г.; память 13/26 января). Блаженный всегда носил с собой и читал Псалтирь.
Скончался в глубокой старости 3 сентября 1580 г. Был погребен, по завещанию, возле церкви святого Власия, за алтарем. Он имел «власы на главе велики», потому и назывался Власатым. Наименование Милостивый блаженный Иоанн получил за многие исцеления, совершившиеся при его гробнице, а также в память св. патриарха Александрийского Иоанна Милостивого (VII в.; память 12/25 ноября), имя которого он носил.
Храм Иоанна Милостивого – единственный в Ростове, который не закрывался при советской власти, поэтому сохранил свои интерьеры. В него перенесли крест-распятие 1706 года из уничтоженной Леонтьевской церкви.