Святитель Исаия (+ ок. 1090, память 7 июня) стал приемником святителя Леонтия. Родом киевлянин, постриженик Киево-Печерского монастыря, он в 1078 году за высокую жизнь свою был поставлен епископом Ростову. "Пришед же на престол, утверждаше новопросвещенныя люди и обходя грады и веси, яже в Ростовстей и Суждальстей области, сокрушаше идолы, и крещаше приемлющия святую веру. Егда же приспе освящение церкви Печерския [в 1089 году], восхищен бысть Ангелом из Ростова в Киев и, по освящении, возвратися в Ростов", - говорится о святителе Исаии в Летописи Ростовских рахиереев, составленной святителем Димитрием Ростовским.
Святитель Исаия, как и его предшественник святитель Леонтий, по блаженной кончине был похоронен у южной стены деревянного собора Успения Пресвятой Богородицы. Его мощи были обретены вместе с мощами святителя Леонтия в 1164 году и помещены в левой нише Леонтьевского придела вновь построенного каменного собора.
Ко времени первого деревянного Успенского собора относится сообщение Киевско-Печерского патерика о том, что в начале XII века Великий князь Владимир Мономах "посла в град Ростов" икону Пресвятой Богородицы, написанную чудесным образом святым иконописцем преподобным Алипием Печерским.
В 1160 году дубовый соборный храм Ростова сгорел: "А стояла та дубовая 100 лет и 60 и осмь лет; и погоре град Ростов, и церковь дубовая згорела, якоже не бывала такова и потом не будет".
По современным археологическим данным первый деревянный Успенский храм стоял на месте юго-восточной части ныне существующего собора, его центральной и южной апсид.